新疆社会科学院1999年科研工作取得显著成果。该院全年发表各类专业论文和研究报告420余篇。其中，由该院院长王拴乾主编的《走向21世纪的新疆》（三卷本）为代表的13部学术著作已出版，该院承担的国家社科项目3项、自治区课题3项以及为自治区经济发展服务的项目2项，已通过专家鉴定。中亚研究所所长、研究员潘志平撰写的《坚持马克思主义国家观，发扬爱国主义光荣传统》的理论文章获中宣部精神文明建设“五个一工程”奖。由贾合甫·米尔扎汗副院长主编的《哈萨克文学史》（1～2卷）获国家教育部教材二等奖。
为抓好西部大开发的历史机遇，更好地为新疆的经济建设和社会发展服务，开展对新疆改革开放实际问题的研究，该院成立了“新疆发展战略研究中心”。同时，为适应研究中亚地区国际形势变化的需要，又成立了“新疆国际问题研究中心”，开展对中亚地区国家的民族、宗教、历史、文化、经济状况和社会问题的研究，为新疆的社会稳定和经济发展服务，为自治区党政领导部门提供了决策服务和智力支持。
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